対応のあるt検定（rstatixパッケージ）

 以下のデータは、同一の被験者で筋トレ前と筋トレ後で握力を測定した結果です。groups列はpre(筋トレ前)とpost（筋トレ後）で、subjectsは被験者、valuesは握力の値となっています。対応のある検定ではsubjectsのデータは使わないが、対応ありということをわかりやすくするために載せました。

groups	subjects	values
pre	s1	32.3
pre	s2	29.5
pre	s3	34.8
中略	中略	中略
post	s1	34.6
post	s2	34.9
post	s3	36.2
中略	中略	中略

rstatixパッケージを読み込んでから、t検定を行います。

> library(rstatix)
> t_test(data = data1, values ~ groups, paired = TRUE)
# A tibble: 1 × 8
  .y.    group1 group2    n1    n2 statistic    df         p
* <chr>  <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>     <dbl>
1 values post   pre       20    20      5.76    19 0.0000148

対応なしのｔ検定と基本的には変わりません。t_test関数の( )内では、データの指定と対応の有り無しの指定を行います。このデータの指定の仕方は対応無しの時と同じです。valuesとgroupsを ~ で結んでおり、valuesの値についてgroupsで分けて分析するという意味になります。対応の有無は、paired=で指定し、TRUEとします。実行すると、以下の結果が出力されます。

結果です。見方は対応の無いt検定と変わりません。有意水準を5%と設定した場合、帰無仮説は棄却されるため、筋トレ前後で平均値に有意な差があると結論づけることができます。