超基本的な分析方法のメモ．
ノンパラメトリックな2群の差の検定をRでやってみる．対応のない場合は順位和検定，対応のある場合は符号付順位和検定になる．
今回はexactRankTestsといパッケージを使って解析を行う．パッケージのインストールの仕方や読み込みの方法についてはこちらからどうぞ．
エクセルに張り付けられているデータを読み込むところからスタート．
#まずはパッケージの読み込み
> library(exactRankTests)
Package ‘exactRankTests’ is no longer under development.
Please consider using package ‘coin’ instead.
警告メッセージ:
パッケージ ‘exactRankTests’ はバージョン 3.6.2 の R の下で造られました
#次にデータの読み込み．今回もエクセルからデータの読み込みを実行．
> dat<-read.delim("clipboard", header = TRUE)
#データはこんな感じ
> dat
A B
1 3 4
2 5 7
3 4 7
4 6 8
5 7 9
6 6 8
7 8 9
8 9 6
9 8 8
#対応のない二群の差のノンパラメトリック検定．つまり順位和検定．AとBに有意な差があるのか比べてみる．
> wilcox.exact(dat$A, dat$B)
Exact Wilcoxon rank sum test
data: dat$A and dat$B
W = 26.5, p-value = 0.2261
alternative hypothesis: true mu is not equal to 0
#p-valueでp値を確認する．今回は有意差なし．
#対応のある二群の差のノンパラメトリック検定．つまり符号付順位和検定．paired = TRUEと指定してやるだけ．
> wilcox.exact(dat$A, dat$B, paired = TRUE)
Exact Wilcoxon signed rank test
data: dat$A and dat$B
V = 7.5, p-value = 0.1719
alternative hypothesis: true mu is not equal to 0
#p-valueでp値を確認する．今回は有意差なし．
>
なお，wilcox.testでも計算はできるが，exactRankTestsパッケージでやっておくとよいと思う．（詳細は省く）ただ，exactRankTestsパッケージは開発が止まっていて，coinパッケージを使うように促されたりもする．別にcoinパッケージでもいいが，超ビギナー向けにはexactRankTestsで十分だから気にせず使って良い．
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