R plotCIでエラーバー付き折れ線グラフ作成


R でエラーバー付き折れ線グラフを作成してみる.
plot()でも作れるけど,自分的にはplotCIの方が楽な気がする.
なおgplotsパッケージが必要.

#データはこんな感じ


> dat
     tska      tskb
1  6.823656 6.901486
2  5.544904 6.569958
3  5.052033 5.262276
4  5.429039 5.589605
5  6.027700 5.776630
6  6.531344 6.783076
7  3.048799 4.502140
8  6.273575 6.605893
9  5.916013 6.194711
10 5.368962 6.026566
11 7.147819 7.364864
>


#平均値を計算


> mean<-mean(dat)

> mean
     tska      tskb
5.742168 6.143382




#標準偏差を計算
> sd<-sd(dat)


> sd
     tska      tskb
1.1031402 0.8245793



#gplotsパッケージを呼び出す.
>library(gplots)


#X軸をつくる
> group<-c("taskA","taskB")


#折れ線グラフを作る.uiw=,liw=はエラーバー,xaxt="n"はX軸ラベルを表示しない.bty="L"でグラフをL時で囲む.pch=21,pt.bg="black" で黒丸を出力(これは無くてもよい).cex=は黒丸のサイズを決める.type=でドットの間を線で結ぶ(p,l,b,oから選ぶ).ついでに,gap=0でエラーバーの上下が結ばれる.tcl=0.5で目盛が内向き,外向きにしたければ符号をマイナスにとる.
> plotCI(mean,uiw=sd,liw=sd,xaxt="n",xlim=c(0.75,2.25),ylab=expression(paste("mean [ ",mm^2," ]")),ylim=c(4,7.5),xlab="",bty="L",pch=21,cex=1.8,pt.bg="black",type="o",tcl=0.5,gap=0)


#X軸を表示
> axis(side=1, at=1:2, labels=group, cex=0.7)

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