ggplot2でエラーバー付き棒グラフを作成

ggplot2でエラーバー付き棒グラフを作成してみる．

まずRmiscを読み込む．Rmiscを用いるとSE,SD，CIをいっぺんに計算してくれる．

こんなデータがある．全データを載せるのはめんどくさいのでheadとsummaryでなんとなくデータを出してみた．
head()はデータの頭だけを見せてくれる関数．summary()はデータの要約をする関数．
要するに，1列目にmbp（平均血圧）という列名で100データあり，2列目にtsk（課題名）という列名（AとB）でAが50，Bが50ある．つまり，Aの血圧データが50，Bのデータが50あるということを意味している．

> head(bp)
  mbp tsk
1  57   A
2  54   A
3  68   A
4  60   A
5  68   A
6  69   A

> summary(bp)
      mbp         tsk   
 Min.   : 47.00   A:50  
 1st Qu.: 68.00   B:50  
 Median : 78.00         
 Mean   : 77.89         
 3rd Qu.: 86.25         
 Max.   :110.00 

それでもってRmiscパッケージを読み込む．

> library(Rmisc)

summarySE()という関数で平均値とSD，SE，CIを一気に計算

> bpdat<-summarySE(bp,measurevar="mbp",groupvar="tsk")
> bpdat
  tsk  N   mbp       sd       se       ci
1   A 50 70.18 10.73368 1.517971 3.050477
2   B 50 85.60 10.32730 1.460500 2.934985

すばらしい．


ggplot2を読み込む

> library(ggplot2)

図を作成

> g<-ggplot(bpdat,aes(x=tsk,y=mbp,fill=tsk))

棒グラフを指定
> g<-g+geom_bar(stat="identity")

エラーバーを追加

> g<-g+geom_errorbar(aes(ymin=mbp-ci,ymax=mbp+ci,width=.2))

X軸にラベルを追加

> g<-g+xlab("Task")

Y軸にラベルを追加

> g<-g+ylab("Mean Blood Pressure (mmHg)")

Y軸のラベルのスケールを変更，25間隔✕0-3回表示（つまり0,25,50,75を表示させる）．上下限を設定したいときは，ylim(0,100)とかすると，0から100までを表示してくれる．

> g<-g+scale_y_continuous(breaks=0:3*25)

凡例の表示を変更
> g<-g+scale_fill_hue(name="Task name",breaks=c("A", "B"),labels=c("Task A", "Task B"))

表のスタイルを変更（今回は背景を白，軸と枠をつけたやつ）

> g<-g+theme_bw()

出力
> plot(g)

ちなみに，文字の大きさの調整は以下を追加したうえで出力するとよい．legendは凡例の文字サイズ，axisは軸の文字サイズを編集可能．

> g<-g+theme(axis.text=element_text(size=18),axis.title=element_text(size=18),legend.title = element_text(size=16),legend.text = element_text(size=16))